و همین فرعون بر سر دین مردم هم می‌ترسد که مبادا موسی آن را تغییر دهد: إِنِّي أَخَافُ أَن يُبَدِّلَ دِينَكُمْ (غافر-26) سپس خداوند می‌فرماید علت تبعیت مردم از فرعون این بود که وی توانست میزان بصیرت و دانش مردم را کاهش دهد و از خرد تهیشان سازد تا از او پیروی کنند: فَاسْتَخَفَّ قَوْمَهُ فَأَطَاعُوهُ إِنَّهُمْ كَانُوا قَوْمًا فَاسِقِينَ (زخرف-54)
از منظر بازرگان علت این امر آن بوده که دین، هدف اصلی خود را که تکامل اخلاقی و معنوی و روحانی بشر است بر زمین نهاده، یا این هدف توسط مدعیانِ محافظت و حراست از دین سلب شده و آن را وسیله‌یی برای کسب دنیا و مقام و جاه و مال و منال ساخته‌اند.
او چنین وضعی را مصیبت و بلائی می‌دانست که بر سر دین آمده و برای نجاتش باید هدف اصلی آن را بازخوانی کرد و این سؤال را مطرح نمود که: آیا بدون ایمان به خدا و آخرت، ایمان به دین و اجراء احکام دینی مفیده فائده‌یی خواهد بود؟
طبق آیات قرآن، بر چنین دینی هیچ اثار دنیوی و اخروی مترتب نیست.
وَالَّذِينَ كَذَّبُواْ بِآيَاتِنَا وَلِقَاء الآخِرَةِ حَبِطَتْ أَعْمَالُهُمْ (اعراف -147)
کسانی که آیات ما و دیدار آخرت را دروغ انگاشتند، اعمال آنها بی‌اثر خواهد بود (نه برای خودشان سودی دارد و نه برای دیگران)
مَنْ آمَنَ بِاللَّهِ وَالْيَوْمِ الآخِرِ وَعَمِلَ صَالِحًا فَلَهُمْ أَجْرُهُمْ عِندَ رَبِّهِمْ (بقره - 62)
آنان که ایمان به خدا آورند و به روز پایان (قیامت) و عمل صالح کنند مزدشان نزد پروردگارشان محفوظ است.
و از این دست آیات در قرآن کریم بسیار است.
بناءبراین دینی که ناظر بر آخرت و خدا نباشد و نتواند مؤمنان به خود را به این دو هدف اساسی معطوف دارد، نمی‌تواند مصلح امور دنیوی مردم باشد. این دیدگاه مرحوم بازرگان کاملاً درست است که تا نظر ایمان آورندگان به دین، معطوف به دو هدف اساسی انبیاء، یعنی خدا و آخرت نباشد، احکام آن دین نه تنها هیچ تأثیر کاربردی در زندگی دنیوی مردم ندارد بلکه آثار منفی نیز خواهد داشت.
بیاد دارم در پایان یکی از جلسات، دکتر رضا صدر از مرحوم بازرگان پرسید: پس نظر شما این نیست که دین از سیاست جدا است، بلکه می‌خواهید بگویید دین وقتی در سیاست و حکومت و امور دنیوی مردم مؤثر است و احکام آن موجب ظلم و اجحاف و سلطه گری و سلطه جویی نمی‌شود که مدعیان دین داری یا مؤمنان به دین، قبل از هر چیز، ایمان به خدا و آخرت داشته باشند؟
مرحوم مهندس بازرگان سخن دکتر صدر را تأیید کرد. آنگاه آقای دکتر صدر گفت: پس ما با شما اختلافی نداریم، بلکه سخن شما را به اشتباه فهمیده بودیم. تصور ما بر این بود که حضرت عالی، بر خلاف نظرات قبلی خود، دین را و آیات کتاب را گزاره‌های ارتباط انسان، به عنوان فرد، با خدا تلقی کرده‌اید و کلاً آن را فاقد هر گونه تأثیری در امور دنیوی مؤمنان دانسته‌اید.
اما هنوز بین تحلیل گران اندیشه دینی و سیاسی مرحوم بازرگان این جدال در جریان است که آیا بازرگان در پایان عمر به این نتیجه رسید که دین از سیاست جدا است و آیا اعتقاد و ایمان دینی دین ورزان هیچ نقشی در سیاست اداری و ملک داری آنان ندارد؟! و یا نباید داشته باشد؟! آیا اگر کسی همچون خود بازرگان، تقوی و پرهیز از معصیت را در ساختار فکری و عملی خود رسوخ دهد، و با این صفت ورود در سیاست و عمل سیاسی نماید، حاصل عملکرد او چه خواهد بود؟ آیا چیزی جز مهندس بازرگان خروجی آن است؟!
با توجه به این مسائل و سوابق مبارزات دینی و سیاسی مرحوم بازرگان، نمی‌توان این کلام و بیان برحق وی، که هدف اصلی انبیاء خدا و آخرت است، را حمل بر تحول بنیادین در اندیشۀ دینی و سیاسی مهندس بازرگان دانست. اگر مؤمن به خدا و آخرت مسؤولیتی در امور اجتماعی، سیاسی یا اقتصادی بعهده گرفت، هر عمل او دائر بر جلب رضای خدا و سربلندی در آخرت است، نه کسب مقام و شهرت و جاه و مال در دنیا. از اینرو هرگز برای حفظ آن مقام یا جاه یا مال کوششی نمی‌کند که نتیجه آن عدم رضای حق و خذلان و خفت در آخرت و تضیع حقوق هر انسانی باشد. رضای حق هم خشنودی عامه مردم است و نارضایی او در عدم خشنودی آنها. و در این کلام حق هیچ ابهامی وجود ندارد و آثار آن را به رأی العین می‌بینیم. پس مؤمنان حقیقی نمی‌توانند در امور سیاسی، اجتماعی و اقتصادی جامعه خود مداخله نکنند، بلکه باید عمل خود را در این امور معطوف به دو رکن اساسی در دعوت پیامبران الهی کنند، که نه تنها هدف بعثت انبیاء، بلکه خلقت انسان نیز ناظر و معطوف به آن دو می‌باشد، یعنی خدا و آخرت.
حال مرحوم بازرگان می‌پرسد: آیا ما می‌توانیم تحت عنوان حفظ دین و احکام آن، مردم را مجبور به انجام اموری کنیم که نه تنها اعتقادی به آن ندارند، بلکه در عمل به آنها دچار نفاق می‌شوند، و این خود از بزرگترین گناهانی است که سد راه رسیدن به خدا و آخرت می‌گردد؟ دو رکنی که بدون ایمان راستین به آنها هیچ کنش دینی معنا و مفهوم ندارد و فاقد هر گونه اثر گذاری مثبت بر روند عمگرایی انسان در راستای تجلی بخشیدن به حقایق اخلاقی می‌باشد.
از منظر تفکر دینی بازرگان ایمان به خدا و آخرت است که عمل مبتنی بر اخلاق را در ذات انسان نهادینه می‌سازد. آنگاه سیاست ورزی مبتنی بر چنین اخلاقی راهگشا است به سوی ایجاد جامعه‌یی باز که سه رکن اساسی حیات بشر در آن رشد می‌یابد و آن سه عبارتند از آزادی، عدالت و امنیت. در دعوت پیامبران الهی هم چیزی جز این دیده نمی‌شود.