روشنفكری دینی، تحقیقاً یك جریان متعلق به یك دوره تاریخی خاص نمی‌باشد و حتی یك پدیده سر برآورده در یك محدوده جغرافیایی ویژه نیست. به‌طور كلی همه انبیاء و رسولان الهی خود پدید‌آورنده این نحله فكری و متعلق به آن هستند. هر پیامبری به هنگام ظهور و ابلاغ رسالت خود دو دسته از معارضان و مخالفان را در برابر خود می‌یافت. گروهی كه به مقابله علنی و رودررو اقدام می‌كردند و حتی مسأله را از محاجه‌های كلامی و ناسزاگویی و تهدید به میدان جنگ و قتل می‌كشاندند و دسته دیگر یا از ابتدا یا پس از شكست در میدان نبرد خود را وارد جرگه دینداران می‌كردند و به تخریب بلاغ رسولان الهی می‌پرداختند. قرآن در بیان حالات انبیاء پیوسته هر دو جریان مخالف را برای هر پیامبری متذكر می‌شود.
برای رسول اسلام هم این رویداد رخ نمود و جریان روشنفكری دینی در متن كتاب و عترت راه خود را در پیش گرفت كه این نیز از آن دو آفت مصون نماند. آنچه را عترت از دین الهی می‌فهمید و با چنگ و دندان در پی تحقق آن بود نه ظاهر دین و احكام بود و نه باطن آن، نه صرفاً احكام بود و نه تماماً معنا، بلكه هر دو با هم. اما اساس در تربیت دینی آن چیزی بود كه پیامبر خود فرموده بود «من برای به كمال رساندن مكرمت‌های اخلاق مبعوث گشته‌ام.»
این تقابلی كه در كربلاأ به اوج خشونت و رویارویی رسید، آهسته‌آهسته وارد مقولات فكری شد. شاید بتوان به درستی مدعی شد كه بعد از عترت رسول اسلام، آن گروهی كه به صحت و امانت از دستاورد پیامبر اسلام پاسداری كرد حكماء بودند كه هم به احكام ظاهری دین پایبند بودند و هم گوهر دینداری را در رشد اخلاق انسانی و تجلی صفات الهی در انسان می‌دانستند و خود عامل بدان بودند. از همین‌روست كه می‌بینیم حكمت در دامان عترت رشد یافته و نه در زیر لوای سنت به معنای معروف آن.
 به تحقیق می‌توان گفت جامعه دینداران و به‌طور كلی امت اسلام تا 100 سال پیش كه دین با چالش‌های جدی عصر حاضر مواجه شد در این اندیشه نبود كه باید برای دیندار باقی ماندن خود چاره‌یی بیندیشد كه به جهت غرق شدن در دریای خرافات قابل عرضه كردن به انسان از طراز متفكر و اندیشمند نه بود و نه می‌باشد.
 شیعه بیش از اهل سنت دچار این آسیب و آفت گشته بود و بنابراین بیشتر هم محتاج پالایش دین. اما در هر دو نحله شیعه و سنی اكنون مذهب، محافظان و پاسداران رسمی پیدا كرده است كه هم درس دین می‌دهند و هم آن را تبلیغ می‌كنند و آنچه را كه اینان انجامش را در چارچوب وظایف خود قرار داده‌اند، آن چیزی نیست كه بشود به عنوان دین تأمین‌كننده سعادت و نیكبختی بشر امروز ارائه داد.
دسته‌یی كه می‌خواست و می‌خواهد دین به عنوان مربی اخلاق بشر باقی بماند، چه در لباس پاسدار رسمی دین و چه در لباس دیگر، نتوانست در جدار صلب و سخت مراكز رسمی تعلیم و تعلم آن كه حوزه‌های علمیه می‌خوانیم، منفذی ایجاد كند و هنوز هم در این كوشش توفیقی حاصل نكرده است. اما در اثر این جدیت‌ها، حقایق جالب توجهی رخ نموده است یكی آنكه جریان روشنفكری دینی ـ حتی در كشورهای اهل سنت ـ بی‌آنكه پشتیبانی حوزه‌های رسمی دین را داشته باشد به صورت انتزاعی افتان و خیزان به راه خود ادامه داده است.
 دیگر آنكه هر جا مبانی اندیشه این جریان به تفكرات حاكم بر حوزه‌ها نزدیك شده خود دچار ركود و درماندگی گشته و سه دیگر آن‌كه هر عضوی از اعضای حوزه‌ها كه خواسته است از درون به اصلاح بپردازد، به هیچ‌وجه تحمل نگشته و به ابزار گوناگون پای او از حضور در مدرس‌های حوزوی بریده شده حتی اگر به تن حضور داشته به فكر از آنجا مردود گشته است. نمونه‌هایی از این دست را می‌توان نام برد.
علامه سید محمد حسین طباطبایی صاحب ‌المیزان كه چون به تفسیر قرآن و تدریس و تعلیم حكمت و عرفان در قلب حوزه پرداخت مطرود شد و شركت‌كننده در مدرس او مواجه با خطراتی بود از جمله قطع حقوق حوزوی. بعد از او تلمیذی نتوانست راه او را ادامه دهد. گویا انتظار مرگ او می‌رفت تا این رویه ناپسند در حوزه به دست فراموشی سپرده شود. مرحوم سید محمود طالقانی چون فضایی برای فعالیت فكری خود در حوزه نیافت بیرون از حوزه را برای طرح اندیشه‌‌های نو برگزید و نیز آیت ‌الله مرتضی مطهری حوزه را مكان مناسبی برای مطرح ساختن تفكرات روشنگرانه خود نیافت و از آنجا كوچ و در نقطه دیگری رحل اقامت افكند. حكیم علامه مرحوم آیت ‌الله سید محمد جواد غروی اصفهانی كه یك قرن تمام كوشش كرد تا تحولی در نوع نگرش حاكم بر حوزه‌های علمیه پدید آورد، نه تنها مدرس و حجره را از او بازپس گرفتند بلكه عرصه تبلیغ در خارج از حوزه را هم بر او تنگ كردند، تا جایی كه در اوایل دهه 50 شمسی خود از تبلیغ منبری استعفا داد و به كار تألیف و كتابت پرداخت. متفكران جدید حوزه هم به همین سرنوشت دچار گشته‌اند؛ مثل محسن كدیور، حسن یوسفی اشكوری و سید محمد خاتمی كه از حوزه خارج شده‌اند و افراد دیگری نیز كه در حوزه‌ها هستند ولی بافته جدا تافته‌اند و هر لحظه در معرض اتهام.
 و از بیرون حوزه‌ها هم اندیشمندانی چون مهندس بازرگان، دكتر یدالله سحابی و شریعتی و امثال او مورد شدیدترین حملات و تهاجمات كلامی قرار گرفتند. پس آنچه را كه تاریخ قدیم و جدید از این دو جریان در پیش روی ما می‌نهد، به ‌هیچ وجه‌ حاكی از تعامل بین آنها نیست. یعنی اثرگذاری و اثرپذیری. بلكه به جای تعامل و در پی آن عصری و هر روز كردن و كار آمد نمودن دین، آنچه مشهود است تقابل و تنافر بوده است. ولی قطعاً این وضع قابل دوام و به نفع دین نیست و دور نیست آن زمانی كه حوزه‌های علمیه شیعه و سنی خود اقدام به برچیدن حصاری ‌كنند كه قرن‌ها اندیشه دینی را در آن محصور و محبوس نموده‌اند.
 به امید آن روز و برای هر چه نزدیك‌تر كردن آن باید بزرگان حوزه‌ها، با عبرت‌آموزی از تاریخ، برای بقای خود و دین نیز، اقدامی جسورانه كنند و حصار‌ها را فرو ریزند و راه رشد اندیشه دینی را باز كنند تا این تخالف و تنافر بین روشنفكری دینی، و دینداری سنتی تبدیل به تعاملی سازنده در راستای تعالی كمالات و اخلاق انسانی ـ الهی گردد.