اولین خشت کجی که در بناء احکام و اساس آن نهاده شد، عمل به مصلحت‌هایی است که مبتنی بر گمان فقیهان است نه دلیل محکم از کتاب خدا و سنت قطعیۀ پیامبر. تشخیص این مصلحت‌ها (مصالح مرسله واستحسانات عرفیه) ناشی از علم به احکام الهی نبوده، بلکه تشخیص خلفاء و اطرافیانشان این بوده که مصلحت عموم یا مصلحت خودشان چنین است، زیرا علم زمانی حاصل می‌گردد که حکم خدا و سنت پیامبرش بر آن دلالت داشته باشد و گرنه هر تشخیص و مصلحتی مبتنی برظن است. این روش، باب «عمل به ظن» را در جمیع احکام گشود و به تدریج بین خلفاء، صحابه، تابعین، قضات و فقهاء جاری گشت. و چون دائرۀ ظن وسیع است، برای هر فقیهی این امکان را بوجود آورد که بگوید «هذا ما ادی الیه ظنی / این چیزی است که گمان من به آن دست یافته» و فقیه دیگری هم همین را بگوید، بدون رجوع به کتاب و سنت قطعیه، و بی آنکه این دو را حکم قرار دهند. بدین ترتیب دین خدا بدست فقهایی افتاد که مرجع امت بودند، و ظن گمانشان مأخذ احکام الهی گشت. 
از این طریق بود که امت اسلام به دو گروه «شیعه» و «سنی» تقسیم و از هم جدا شدند. اکثر فقهاء اهل سنت، «قیاس» را اساس کار خود قرار داده، آن را برابر کتاب و سنت دانستند. و همانند قیاس، «ظن» حاصل از اخبار آحاد را نیز حجت گرفتند. حال آنکه قیاس و اخبار آحاد خالی از قرائن صدور، مفید علم نیستند و بسیاری از اخبار آحاد با یکدیگر متعارضند. به همین جهت یک فقیه، قیاسی را مبنای فتوایش قرار می‌دهد و فقیه دیگری، قیاسی دیگر را. یعنی هر کدام یک موضوع را با دو چیز مختلف قیاس می‌کنند، و نیز یک فقیه بر اساس ظن حاصل از یک خبر و فقیهی دیگر به مقتضای ظن حاصل از خبری دیگر فتوا می‌دهد و کار به اختلاف می‌کشد و دائرۀ آن گسترش می‌یابد.
و اما شیعه که از عترت پیامبر تبعیت می‌کرده‌اند، قیاس و مصالح مرسله و استحسان و مطلق ظن را مردود دانسته‌اند. حتی ظنی که حاصل از اخبار آحاد باشد. چون قرآن مجید مطلقاً پیروی از ظن را نهی فرموده و تأکیده کرده است که در هر مسأله‌یی از مسائل دین، ناچار باید علم به صدور حکم از جانب خدا حاصل آید. زیرا «حکم» فقط از آن خدا است. علم به هر حکم هم یا از طریق کتاب خدا یا سنت قطعیۀ رسول بدست می‌آید، نه از راه ظن و گمان. چون سیرۀ ائمه(ع) این بوده که از حکمی تبعیت نکنند، تا از کتاب و سنت قطعیه علم به صدورش پیدا کنند، میان آنها و فقهاء عامه اختلاف شدید پدید آمد که ریشۀ همه اختلافات بود. سرایت این سیره به شیعه و بعضی از فقهاء شیعه که در رقابت با فقهاء اهل سنت بودند، همین که دیدند تعداد مسائل و فروع در تصانیف اهل سنت بیشتر است و ایشان به احکام ثابت در کتاب و سنت اکتفاء نکرده‌اند و به ظنون حاصله از قیاسات و اخبار آحاد تشبث جسته‌اند، و ده‌ها کتاب تألیف کرده، ایجاد اختلاف نمودند و ارباب مذهب عدیده شدند، و هر فقیهی صاحب فتوایی شد، فقهاء شیعه هم این روش را در تکثیر فروع پسندیدند و کتب خود را در فقه به منوال کتب علماء اهل سنت تدوین نمودند. در صورتی که در دین نیازی به آن نبوده و نیست. سپس گروه دیگری از فقهاء شیعه به آن عده اقتداء کردند و این روش در تدوین فقه شیعه شایع و مورد اهتمام واقع گشت، و به علت آنکه در فروع مستحدثه و تازه پدیده آمده از کتاب و سنت ثابت، دلیل قاطعی وجود نداشت و شیعه به پیروی از ائمه اهل بیت، منکر قیاس و استحسان و مصالح مرسله بود، از دری دیگر وارد شده و قول به حجیت ظن حاصل از اخبار آحاد و اجماع منقول و شهرت را مبنای فتوا قرار دادند. اول کسی که این اساس را پی ریخت و بنائش را بر آن نهاد، شیخ طوسی بود.
وی کتابهایی در این زمینه تألیف نمود که از عمده‌ترین آنها مبسوط، خلاف، عده، تهذیب و استبصار و نهایه می‌باشد. شیخ طوسی برای فروع بسیاری که در مبسوط آورده، به هیچ دلیلی از کتاب و سنت قطعیه تمسک نکرده است. بدون مأخذ، و با تعارض و تخالف در مسائل فتوی داده و به اخبار آحاد عمل کرده است. وی به زعم خود در کتاب استبصار، بین اخبار متعارضه را اغلب به گونه‌یی بلادلیل جمع کرده که به مدلول هیچ کدام از آن دو خبر متعارض عمل نشده.
بعد از شیخ طوسی، فقهاء دیگری قدم به میدان فتوا گزاردند و کثرت تصانیف شیخ آنها را فریفته ساخت، به طوری که بنیان فقه را بر همان اساس بناء نهادند. اما این راه به سادگی پیموده نشد و محققین شیعه با آنها به مخالفت برخاستند و عمل به ظن و گمان را در احکام انکار کردند. ولی مجتهدین که عامل به «ظن» بودند، کم کم بر آنها چیره گشتند، اما نه با دلائل شرعی، بلکه با اسباب و وسائلی که بعداً به آنها اشاره خواهیم کرد. با گذشت زمان، عدۀ این فقهاء و مجتهدین فزونی یافته کلامشان قوت گرفت و مسلکشان در میان مردم رواج داده شد. آنگاه شرط صحت عمل مردم را تقلید از خود قرار دادند و کار به جایی رسید که اعتقاد به «ظن حاصل از اخبار آحاد» در میان شیعه رایج گشت که بسیار شبیه «قیاس موجب ظن» بود که در میان اهل سنت رایج بود. بدین ترتیب شیعه در عمل به «ظن» تابع عامه شد و از راه ائمۀ هدی منحرف گشت و به کثرت تألیف کتب فقه و اصول آن بر این منوال اقدام نمود. به این جهت است که صدها کتاب در فقه مصطلح مبنی بر ظن تألیف نمودند، که همۀ مسائل آن تکراری است، چه مفصل و چه مخلص. هر مؤلفی بر اساس ظن خود فتوی داده و موجب کثرت خلاف در فروع شده و عمر خود را صرف آن نموده و مردم را به آن سو کشانده است. اتخاذ این روش موجب از بین رفتن احکامی شد که منصوص از کتاب و سنت متواتره بود، تا اینکه آثارش محو شد و امت از آن منصرف گشت، به طوری که کمتر کسی یافت می‌شود که از مأخذ حکمی که فقیه صادر کرده، از کتاب و سنت سؤال کند. اما همه از فتوای فقیه می‌پرسند و با آن معامله وحی منزل می‌کنند، بلکه بالاتر. کتاب خدا را پشت سر انداختند و به آنچه بی‌فائده و بی‌اثر است متشبث شدند. از بدعت‌ها پیروی کردند و رأی خود ساخته را بکار گرفتند، تابع هر صدایی شدند و با هر نسیمی مایل گشتند، روشنی از نور علم نخواستند و به ستون محکم دین تکیه نزدند. سرانجام امر بدانجا منتهی شد که گروهی از فقهاء، به آنچه مصلحت دیدند فتوا دادند و آنرا «حکم ثانوی» نامیدند. گویا به آنها وحی شده، در حالی که با کتاب و سنت ربطی نداشت و به آنها نیز وحی نمی‌شد، زیرا رسولان الهی نبودند. کم کم موضوع فتوا از مصلحت عرفی هم خارج شد تا چه رسد به مصلحت شرعی. مفتی نیز به چنین فتوای بی دلیلی متفرد شد، حال آنکه علماء فن مرتبط به آن مسأله، مصلحتی برای امت در آن نمی‌دیدند. بدین شکل دائرۀ اختلاف توسعه یافت و مسلمانان متفرق شدند. تفرقه‌یی بی نظیر و بلائی آشکار بر اسلام و مسلمین فروریخت.
از این فقهاء می‌پرسیم: تفاوت میان «قیاس مفید ظن» که شما انکارش می‌کنید، و بین «اخبار آحاد مفید ظن» که قبولش دارید چیست؟ آیا جز این است که باطل بودن قیاس در شرع بدان جهت است که موجب ظن می‌شود نه علم؟ در حالی که می‌دانید دین مبتنی بر علم است زیرا احکامش منسوب به خداست نه ظنون خلق. مسلمانان باید خود را از این ظلمت کور نجات دهند که همچون سرابی است، «كَسَرَابٍ بِقِيعَةٍ يحْسَبُهُ الظَّمْآنُ مَاءً حَتَّى إِذَا جَاءَهُ لَمْ يجِدْهُ شَيئًا»(نور 39). و یا همانند دریای عمیقی، «كَظُلُمَاتٍ فِي بَحْرٍ لُجِّي يغْشَاهُ مَوْجٌ مِنْ فَوْقِهِ مَوْجٌ مِنْ فَوْقِهِ سَحَابٌ ظُلُمَاتٌ بَعْضُهَا فَوْقَ بَعْضٍ إِذَا أَخْرَجَ يدَهُ لَمْ يكَدْ يرَاهَا وَمَنْ لَمْ يجْعَلِ اللَّهُ لَهُ نُورًا فَمَا لَهُ مِنْ نُورٍ»(نور 40).